转基因南瓜和普通南瓜相比，其外观和大小没有明显变化，但其内部含有被改造过的基因，可以提高其耐旱、抗病、抗虫等性能。

例如，在转基因南瓜中加入了抗虫基因，能够有效减少害虫对其危害，从而提高了南瓜产量和质量。此外，转基因南瓜还能够抗菌、延长保鲜期等，为人们带来更安全、健康的食品。