是的，抖店运费险是在发货后扣除的。当卖家在抖音小店上点击“确认发货”后，系统会自动从预充值金额中扣除保费。保费是根据订单的发货金额和商品的重量、尺寸等因素进行计算的。具体的扣费标准可能因订单金额的不同而有所差异，例如订单金额在101~200元时，运费险扣费为0.02元；订单金额在201~500元时，运费险扣费为0.03元等。

此外，退货运费险的理赔金额是根据买家的收货地址和卖家在系统中预留的退货地址来确定的，每个保单只能进行一次理赔，即每份订单仅能投保一次，并且仅能获得一次理赔。

需要注意的是，如果订单未发货，则不会收取保费。同时，为了保障消费者的权益，如果在下单后的150天内，订单既未发货也未进行退款，订单将自动关闭，交易金额将按照原有付款途径退回到消费者账户。

请注意，抖音平台对于运费险的费率并没有具体规定，因此具体的扣款金额可能会根据商品的价格和性质等因素有所不同。卖家在使用抖音运费险服务时，最好事先了解平台的相关规定，以便能够更好地控制成本和风险。