重组DNA分子的过程分为三个步骤：切割DNA，连接DNA和转移DNA。在切割DNA阶段，酶会识别和切割DNA分子，产生带有单链末端的DNA断片。

连接DNA发生在两个游离单链通过酶连接起来形成一个共价的Phosphodiester键的过程中。

转移DNA则是通过载体，如质粒，将DNA片段转移到宿主细胞中，通过宿主细胞的DNA合成机制使它们融合成一个完整的DNA分子。

重组DNA的成功需要精确的计算，正确的质粒和酶选择和严格的操作流程。