是，经调查核实，北京市大兴区新秋老年公寓医务室、北京市利康医院、北京市丰台区南苑乡大红门村社区卫生服务站存在内部管理不规范等问题，造成医疗保险基金的损失，违反了医疗保险规定及服务协议书有关条款。