九管血和朱砂根在多个方面存在明显的区别。

1. 药材分类：根据药材根断面朱砂点大小不同，可以将药材分为两组，朱砂根与岭南紫金牛朱砂点较小，山血丹与九管血朱砂点较大。

2. 显微特征：四种药材显微特征存在较明显差异，山血丹与九管血横切面皮层处可见分泌腔和草酸钙方晶，且九管血皮层可见草酸钙簇晶；山血丹与朱砂根横切面有中柱鞘石细胞；朱砂根及岭南紫金牛粉末可见分泌细胞，山血丹和九管血粉末还可见分泌腔碎片和草酸钙方晶，且九管血可见草酸钙簇晶。

综上所述，九管血和朱砂根在药材分类和显微特征上存在明显的区别。