异型鲟鱼在不同阶段对食物的偏好有所不同。在仔鱼期，它们主要以浮游生物为主食。进入幼鱼期后，鲟鱼的食物种类增多，主要以底栖的水生寡毛类、水生昆虫、小型鱼虾及软体动物为食。

而成年的鲟鱼则以底栖动物或动植物渣滓为食，同时也会食用一些植物性饲料，如鱼粉、酵母、小麦、蚕蛹等。

此外，人工饲养的鲟鱼通常会以专用饲料为主食，而野生鲟鱼则会捕食一些体型小且速度不快的鱼类