签订农村自建房修房顶的合同，需要注意以下几个方面：

承包范围。明确承包的范围，包括基础、主体、水电、木工、外墙等。

施工图纸。最好有详细的施工图纸，作为建房合同的附件，为保障合同履行提供了重要依据。

安全问题。施工单位每个人购买一份意外险，施工期间注意工人安全。

合同工期。在合同里面一定要约定好工期，很多包工头同时承包很多工地，因人手不足或组织不力，往往进度很慢。

付款方式。一般我们是分期来付款，每一次付款都只占全额的10%到30%左右。

工程质量。一般的对房屋的工程质量要求是按照GB50300建筑工程施工质量验收统一标准来约束乙方的。

违约责任。违反本协议的约定为违约行为，应承担违约责任。

签订合同时，最好找专业的律师进行审查，以确保合同的合法性和有效性。