T6仓库系统和WMS（Warehouse Management System）之间的主要区别在于其功能和适用范围。T6仓库系统通常是由某些特定公司或组织为满足其内部运营需求而开发的定制系统，其功能可能包括库存管理、订单处理、流程优化等。而WMS是一种通用的仓库管理系统，通常是由专门的软件公司开发，旨在为各种类型和规模的仓库提供综合的管理解决方案，涵盖诸如库存跟踪、收发货管理、作业优化等一系列功能。

因此，虽然它们都与仓库管理有关，但T6仓库系统更侧重于定制化和特定组织的需求，而WMS更具通用性和可扩展性，适用于更广泛的仓库管理场景。