水泊东南庄始建于元末明初（14世纪）的时期。

因为水泊东南庄是闽南地区明朝时期的抗倭重镇，为了加强抗倭战争时期的军事防御，当时的官方开始大规模兴建中兴工程，水泊东南庄就是其中之一。

水泊东南庄历经明清两代，不仅成为了抗日战争时期的重要军事基地，也因其历史与文化价值而成为了现代旅游景点。