手动转存和自动转存的主要区别在于存款利率的不同，尽管在大多数银行手动转存和自动转存的存款利率是一样的，但是在个别银行，自动转存的储蓄存款的利率是要低于柜面的存款利率的，也就意味着手动转存利率会高于自动转存的利率。当然利率上的差别不仅仅是发生在个别银行，在一些特殊的时间节点上也是会有所体现的，比如银行常常会在春节前后开展储蓄存款开门红活动，这种情况下用户前往银行办理储蓄存款的手动转存业务是可以获得银行赠送的礼品的。