要有效投诉新农合问题，可以采取以下措施：

首先，可以向当地的新农合管理部门提出投诉，他们有责任处理相关问题。

其次，可以向相关的卫生监督部门或者卫生局投诉，他们可以对新农合机构进行监督和调查。此外，可以向媒体或社交平台曝光问题，引起公众关注，增加舆论压力。

最后，可以寻求法律援助，向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。综上所述，选择合适的投诉渠道并采取多种方式综合施压，可以提高投诉的有效性。