元始元年和公元元年都是指公元纪年的起点，但它们代表的是两个不同的历史时期。

元始元年指的是中国历史上一个特定的时间段，通常与某个具体的皇帝在位起始年份相关联。例如，公元1年在中国历史上被视为汉平帝元始元年，这是西汉的最后一位皇帝汉平帝（刘衎）在位的开始。

公元元年则是从公元元年开始计算的纪年系统，这个概念源自西方世界，将耶稣基督诞生的那一年定为公元元年，从此以后的所有年份都被称为公元后的年份，简称公元年。

总结来说，元始元年特指中国历史上某一位皇帝登基的第一年，而公元元年则是现代通用的纪年体系的开端。