九尾在《火影忍者》中并没有失去对鸣人的记忆。虽然鸣人在与九尾的战斗中失去了九尾模式，但九尾仍然记得鸣人，并且与其保持着良好的关系。在火影忍者的后期剧情中，九尾甚至还帮助鸣人一起对抗敌人。因此，可以说九尾最后想起了鸣人。