内蒙煤炭和新疆煤炭的主要区别在于产地和质量。内蒙煤炭主要产自内蒙古自治区，而新疆煤炭主要产自新疆维吾尔自治区。

质量方面，内蒙煤炭的热值较高，含硫量较低，更适合发电和工业用途；而新疆煤炭的热值一般较低，含硫量较高，更适合炼焦和冶金用途。