防水保护层的施工流程一般分为准备工作、基层处理、涂装防水涂料、涂装防水涂料后处理四个步骤。具体操作包括：清洗基层、填补凹坑、去除毛刺、涂底漆、涂中涂、涂面涂、停干、修补漏涂、检验、保养。在施工过程中，要注意选择防水涂料的种类、涂装方法、施工环境等因素，确保施工质量和效果。同时要注意安全操作，避免使用易燃和有害物质，保障施工人员和周围环境的安全。