果蝇的遗传定律主要包括分离定律和伴性遗传。
分离定律是孟德尔遗传定律之一，其实质是：在杂合子细胞中，位于一对同源染色体上的等位基因，具有一定的独立性；生物体在进行减数分裂形成配子时，等位基因会随着同源染色体的分开而分离，分别进入到两个配子中，独立地随配子遗传给后代。
伴性遗传是指性染色体上的基因所控制的性状的遗传方式，存在明显的性别差异性。在果蝇中，眼色和体色的遗传遵循伴性遗传。例如，摩尔根通过回交试验发现红眼雌蝇与最初发现的那只白眼雄蝇交配，无论雌雄都是红眼白眼各占一半，这也符合孟德尔定律。他进一步提出假设，决定果蝇眼睛颜色的基因存在于性染色体中的X染色体上。白眼基因存在于性染色体上，它的遗传规律与性别有关，这就叫伴性遗传。