两地都是内蒙古乌兰察市下辖的区或者县，区别如下：

1.位置不同，集宁区位于乌兰察市中部，是市政府驻地；商都县位于乌兰察市东北部；

2.面积人口不同，集宁区总面积404平方公里，总人口42.3万余人；商都县总面积4353平方公里，总人口17.4万余人；

3.经济水平不同，集宁区是乌兰察市经济中心，国内生产总值215亿元，商都县则比较落后，仅为58.5亿元；