企业被村民恶意堵路应该采取妥善的处理方式，首先要冷静处理，不要激化矛盾。可以与村委会代表沟通协商，寻找解决方案，如提供合理补偿、改善村民生活等。同时也可以向当地派出所报案，让警方协助解决。在处理过程中，企业应保证其合法经营和社会责任，避免陷入不良社会事件。