拘留48小时是否会留案底，取决于具体情况。

如果只是因为违法被拘留48小时，例如扰乱公共秩序等，这种情况下会有违法记录，但不会有案底。违法记录虽然会被留存，但一般情况下非司法机关是不可以随意查询的，而且不会对当事人今后入学、招工、公务员考试等方面产生影响。

如果拘留48小时是因为涉嫌犯罪，例如刑事案件等，那么会在公安部门留有案底。而且，一旦被人民法院依法审判并判处有罪，犯罪记录将会影响当事人今后的入学、招工、公务员考试等方面。

因此，拘留48小时是否会留案底，需要具体情况具体分析。