主要区别大致有

一是级别不同

市直单位是市级直属单位，由市委或市政府直接管辖，行政级别应略低于县级（副县级）编制。

区县单位是市级下属行政单位，编制为正县级别。

二是辖区范围不同。

市直单位规模和辖区范围较小，涉及面有限。

区县单位规模和辖区范围较大，涉及面较广。