异地工程预扣预缴可以在企业所得税年度纳税申报时进行抵扣。企业需根据当年收入及相关成本等情况计算出当年应纳税所得额，并将已缴纳的异地工程预扣预缴税款作为可抵扣金额抵减当年企业所得税应缴纳的金额。

若异地工程预扣预缴税款高于当年企业所得税应缴纳的金额，则可将多余部分申请退回。