手工棉鞋海绵中间开口缝起来有几种方法，最常见的是用针线缝合。首先需要准备好相应颜色的线和针，然后将线穿过针，从口子的上方开始缝，一边穿线一边将针插入海绵内部，最后将线紧绷，打结即可。

另外还可以用胶水在海绵的口子边缘进行固定，但需要注意胶水不要触及鞋面和鞋底，避免影响整体美观度。无论是哪种方法，都需要仔细耐心地操作，保证海绵开口缝合牢固，不易松动。