医学学硕西医综合306与699的主要区别在于考试内容和适用范围。306是临床医学综合能力（西医）的考试科目，主要考查临床医学的基本知识、基本理论和基本技能，适用于报考临床医学硕士专业学位的考生。而699是医学综合（西医）的考试科目，涵盖基础医学和临床医学等多个学科，适用于报考除临床医学硕士专业学位以外的其他医学硕士专业学位的考生。

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