楼房顶层漏水当然应该动用维修基金进行维修。

住宅小区楼顶属于共用部位，共用部位的维修属于维修基金使用范畴，物业公司提出申请，业委会召开业主大会，经过投票表决，超过三分之二业主同意即可批准执行。