拼多多店铺显示需缴纳5000元保证金是由于2021年拼多多平台升级后，对商家入驻条件进行了调整，所有商家必须缴纳入驻保证金才能在平台上运营。

这个保证金相当于商家在平台上的担保金，主要用于保障消费者的合法权益。商家缴纳保证金后，可以在平台上发布商品并进行销售。如果商家违反平台的规定，拼多多会对这笔保证金进行扣除。