琼州海峡跨海通道面临的主要困难包括以下几个方面：

地质条件复杂：琼州海峡地区地质条件复杂，包括海底地形、地质结构、地震等因素，这给通道的建设带来了技术挑战。

气候条件恶劣：该地区经常受到台风、季风和海浪等恶劣气候条件的影响，这对施工和通道的稳定性提出了更高的要求。

生态环境保护：跨海通道的建设可能对周边生态环境产生影响，需要充分考虑生态保护的因素，采取有效的保护措施。

工程规模巨大：琼州海峡跨海通道需要跨越较长的距离，涉及到大规模的基础设施建设，包括桥梁、隧道等，工程规模庞大。

技术和资金需求：这样的大型工程需要先进的技术和大量的资金投入，包括工程设计、施工技术、设备制造等方面。

地缘政治和利益协调：涉及多个地区和部门的利益，需要进行充分的地缘政治协调和利益平衡。

安全风险和应急管理：跨海通道的安全运营面临着各种风险，如海上交通事故、灾害应对等，需要建立有效的安全管理和应急机制。

环境影响评估和可持续发展：项目建设前需要进行全面的环境影响评估，确保通道的建设与可持续发展目标相一致。

综上所述，琼州海峡跨海通道的建设面临着多方面的困难和挑战，需要综合考虑技术、经济、环境和社会等因素，进行充分的论证和规划。