公司赔偿工伤的协议应包括明确的赔偿金额、赔偿方式、赔偿责任、赔偿范围、赔偿期限等内容，并严格遵守国家相关法律法规。

双方应签订书面协议，保证受伤员工的权益得到保障，公司承担相应责任。同时，建议在协议中注明双方的权利和义务，以确保工伤赔偿的公平和合理性。