南通东站和南通汽车客运东站是两个不同的交通枢纽，它们之间有以下区别：

1. 车站类型不同：南通东站是火车站，主要提供铁路交通服务，而南通汽车客运东站则是汽车站，主要提供公路交通服务。

2. 地址位置不同：南通东站位于南通市通州区先锋镇花园村的宁启铁路上，而南通汽车客运东站位于南通市崇川区青年中路。

3. 车站规模不同：南通东站是一个较大的火车站，有多个站台和候车厅，提供多条铁路线路的服务；而南通汽车客运东站规模相对较小，主要提供南通市内及周边地区的公路客运服务。

4. 服务对象不同：南通东站主要服务于乘坐火车出行的人员，而南通汽车客运东站则主要服务于乘坐汽车出行的人员。

因此，如果您需要前往南通市区或者其他城市的火车站，可以选择前往南通东站；如果您需要乘坐汽车出行，可以选择前往南通汽车客运东站。