六方晶系陨石钻石的独特特征是它的晶体结构。这种钻石晶体的结构是由六边形棱柱所组成，呈现出六方对称性，具有十分稳定的结构。在地球上形成的钻石晶体往往是四方晶系，形状上会表现出棱角分明的四方形，但六方晶系陨石钻石却是一种相当稀有的钻石品种。由于其原始成分含有来自外太空的物质，因此这种钻石也被赋予了神秘而具有吸引力的象征意义。