DNA分子本身不是完全疏水的，但它的大部分区域都是疏水的。基因组成的拓扑结构大致可以分为二级和三级结构。二级结构是由双螺旋DNA组成，其中磷酸与碱基之间的氢键是疏水键。磷酸富含负电荷，因此碱基和磷酸之间的相互作用迫使DNA链的疏水性质增强。

在三级结构中，各种直接通过DNA链连接的蛋白质组成具有疏水性或亲水性的大量结构域。总之，DNA大部分是疏水的，这种性质很重要，因为它对DNA的生物学功能起着关键作用。