香港北京同仁堂和内地的同仁堂都属于同仁堂品牌，但它们之间存在一些区别。

首先，它们的位置不同。香港北京同仁堂位于香港特别行政区，而内地的同仁堂则位于北京市。因此，它们的服务范围和客户群体也有所不同。

其次，它们的经营方式也有所不同。香港北京同仁堂采用现代化的管理方式，注重品牌建设和市场营销，致力于将传统中药与现代科技相结合，开发出更多符合现代人需求的中成药。而内地的同仁堂则更加注重传统中药的研发和生产，注重传承和弘扬中医药文化。

此外，它们的产品也有所不同。香港北京同仁堂的产品种类较为丰富，包括中成药、保健品、医疗器械等，而内地的同仁堂则以中成药为主，产品种类相对较少。同时，由于香港是一个国际化的城市，香港北京同仁堂的产品也更加多元化，包括一些进口药品和保健品。

总之，香港北京同仁堂和内地的同仁堂虽然都属于同仁堂品牌，但它们在地理位置、经营方式、产品等方面都存在一些差异。