如果您的农村房产证被村里扣着，首先可以尝试与对方进行协商，争取通过友好方式解决问题。如果协商不成，您可以采取以下步骤：
协商解决：与对方沟通，看是否能够达成一致，签订相关协议。
村委会调解：如果协商无效，可以向村委会申请调解处理，利用村委会的权威和影响力来促进问题的解决。
法律途径：如果上述方法都未能解决问题，您可以准备起诉状，向法院提起诉讼，要求法院介入处理。
向上级投诉：您还可以向上一级主管机关投诉处理，寻求上级部门的介入和帮助。
请求现任村委会代表协助：在必要时，可以请现任村委会代表出面帮助您要回房产证。