《雪花秘扇》是一部讲述两个女孩雪花和百合的故事。故事背景设定在19世纪的中国，特别是在一个闭塞落后的瑶族村落。百合和雪花自幼因八字相合被结为“老同”，这是一种特殊的灵魂伴侣关系。她们一起学习女工，遵守女子三从四德的教条。随着时间的流逝，百合因裹了“三寸金莲”而嫁入了一个殷实的家庭，而雪花则嫁给了乡间的屠夫。两人的生活境遇发生了变化，她们的友谊也经历了考验。

百合在富裕的家庭中逐渐适应了新的身份，而雪花则生活在贫困之中。百合试图帮助雪花脱离困境，但雪花却将百合的关怀视为居高临下的怜悯，因此拒绝接受。两人的关系因此产生了隔阂，直到雪花临终前，百合才真正理解雪花的处境，并释然了两人之间的误会。

故事中还穿插了当地的风俗习惯，如裹脚、婚嫁等，以及“女书”这种神秘的女性文化。小说通过百合的视角描绘了她努力吸引父母注意但无果的情况，以及她与雪花从结盟到友谊破裂的过程。最终，百合在雪花临终前得到了雪花的理解和接纳，两人的关系得到了修复。