石化檜原生苗和扦插苗的主要区别在于繁殖方式和生长环境。

原生苗是通过种子繁殖而来，其根系发达，适应性强，生长速度较慢，但寿命长。而扦插苗则是通过剪取母树的枝条进行繁殖，其根系较浅，适应性相对较弱，但生长速度较快，开花结果早。

在生长环境上，原生苗更适合在自然环境中生长，而扦插苗则更适合在人工控制的环境下进行培育。

总的来说，原生苗和扦插苗各有优劣，选择哪种苗木取决于具体的种植需求和生长环境。