《学园默示录》中紫藤的结局是被其他学生误认为是凶手而遭到众人围攻，最终自杀身亡。紫藤在剧中被描写为一个沉默寡言、心思敏锐的人，但由于他的外表和行为方式与其他学生不太一样，使得他成为了众人的指责对象，受到了欺凌和孤立。这种不公正的对待最终导致了他的悲剧结局。