供应商合同与第三方合同的主要区别在于合同的目的和涉及的当事人。供应商合同是企业与供应商之间的合同，目的是确保供应商按照约定提供产品或服务，主要涉及买卖关系。

而第三方合同则涉及至少三个当事人，其中一个当事人与另外两个当事人分别签订合同，目的是通过第三方完成某些特定任务或服务，如物流、支付等。

两者在合同结构、风险分配和管理方面也有显著不同。