酵母菌呼吸实验的科学原理主要基于酵母菌的两种呼吸方式：有氧呼吸和无氧呼吸。在有氧条件下，酵母菌通过有氧呼吸产生二氧化碳和水，并释放能量。而在无氧条件下，酵母菌进行无氧呼吸，产生酒精和少量二氧化碳，并释放较少的能量。

这一原理可以通过检测二氧化碳和酒精的产生来验证。

例如，二氧化碳可以使澄清石灰水变浑浊，或者使溴麝香草酚蓝水溶液由蓝变绿再变黄，而酒精则可以通过与橙色的重铬酸钾溶液反应变成灰绿色来检测。

这一实验有助于理解细胞呼吸的不同方式及其产生的物质。