主次梁交接处是桥梁结构中容易出现压力集中、疲劳损伤和施工难度大的部位。为了保证保护层厚度，可以通过以下措施：

1.在设计时合理确定主次梁的尺寸和布置，减小受力集中点，避免出现局部压力过大的情况。

2.采用适当的材料和工艺，按照设计要求施工，保证保护层的厚度符合规定。

3.加强监理和验收，对施工过程进行全方位检查，及时发现并解决问题，确保主次梁交接处的施工质量。综上，科学合理的设计、优质的材料和严格的监管都是保证主次梁交接处保护层厚度的关键。