在抖音小店，新店违规两次可能会面临一定的处罚，但具体情况取决于违规的性质和严重程度。抖音小店的违规处罚分为两种：一般违规（A类扣分）和严重违规（B类扣分）。一般违规不会导致店铺被清退，但累计到一定分数时会面临罚款和账户停业整顿等处罚。严重违规则可能导致店铺被清退，并扣除全部保证金。如果违规涉及售假等严重问题，还会扣除违规商品涉及的订单金额。

新店在运营过程中应避免一些常见违规行为，例如商品信息虚假宣传、类目错放、出售假冒伪劣商品、发布第三方信息等。这些行为可能导致商品被直接封禁，并严重时可能扣分扣保证金。

因此，如果您的新店违规两次，建议您首先了解违规的具体原因，并根据平台规则进行整改。如果违规行为较轻，通过及时整改和提高合规意识，仍然有可能继续在平台上运营。然而，如果涉及严重违规，可能需要更加谨慎处理，甚至可能需要联系官方客服寻求帮助和指导。