广西捷通etc收98元的原因是：

用支付宝办理ETC时，扣费方式有支付宝扣费和银行卡扣费两种方式供选择。如果选择支付宝扣费方式办理ETC，要收取98元的"V会员"费用。

ETC卡的生产成本相对较高，98元也包括了服务费用。这部分费用用于支付宝提供ETC申请服务过程中产生的人力及其他行政支出。