物流圆工未做指差确认，工厂有权罚款。

因为物流圆工在进行货物运输时，需要与工厂进行指差确认，确认货物的数量和质量，避免货物的遗漏或损坏。

如果未进行指差确认，造成货物遗漏或损坏，工厂有权根据合同约定进行罚款。

此外，进行指差确认也是物流流程中的重要环节，有助于保证货物的安全和顺利流通。

需要注意的是，具体的罚款规定可能会因合同和国家法律法规的不同而有所差异，因此应根据具体情况进行处理。