医药100指数和全指医药都是反映医药行业整体表现的指数，但两者有所不同。

医药100指数是指由上海证券交易所发布的以医药生物行业为样本股的指数，包括了上海、深圳两地A股市场上表现最好的医药生物板块的100只样本股票，主要反映了医药生物板块中市值大、成交活跃的领军企业的整体表现。

全指医药则是由中国证监会发布的包括在A股、B股、H股以及红筹股等在境内外上市交易的医药生物企业股票作为样本股的全面指数，涵盖的股票种类更加丰富，与医药100指数相比包含的公司更多，涵盖性更强。

从投资角度来看，如果你希望通过投资医药行业赚取收益，可以关注以上两个指数。不过，需要根据自身的风险偏好、投资目标和投资周期等因素来选择不同的指数，以确定最适合自己的投资策略。