在医院使用社保卡进行结算时，费用扣除的来源取决于社保卡的类型和使用的功能。根据搜索结果：

如果使用的是具有金融功能的社保卡，那么费用将从社保卡中的医保功能部分扣除，不会影响到卡内的银行卡余额1。

医保卡分为个人账户和统筹账户。个人账户中的资金可以用于支付门诊费用或购买药品，这部分费用是直接从个人账户中扣除的2。

统筹账户则包含一个额度，用于特殊门诊或住院医疗费用的报销。当使用统筹账户的额度时，并不是从账户余额中扣除，而是使用这个额度23。

对于住院费用，个人应负担的部分需要个人直接支付给医院，而医保基金负担的部分则由经办机构与医院结算。住院费用的医保卡扣费通常是出院时一次性扣除的4。

综上所述，使用社保卡在医院结算时，费用的扣除可能涉及个人账户的资金，也可能通过统筹账户的额度进行支付，具体取决于社保卡的类型和使用的功能。