目前，保山机场共有东航云南公司、昆明航空公司、祥鹏航空公司、红土航空公司4家航空公司在运营，拥有1家基地航空公司-昆明航空。

保山机场主要开通了保山至昆明、北京、杭州、西安、重庆、成都、南京、长沙、珠海9条直飞航线，同时还开通了保山-昆明-广州、保山-昆明-郑州、保山-昆明-南京3条经停航线。