兰州白塔山博物馆设有自然历史馆、古代历史馆、民俗文化馆和藏文化馆四个馆藏。自然历史馆展示了兰州和甘肃地区的自然资源和动植物样本，古代历史馆展示了这一地区的历史文物和考古发现，民俗文化馆则展示了当地的民俗风情和传统手工艺品，而藏文化馆则集中展示了兰州当地的藏族文化和艺术品。这四个馆藏内容丰富，展示了兰州丰富的自然、历史与文化资源，吸引着众多游客前来参观和学习。