云南巴戟天藤为木质藤本植物，茎圆柱形，幼时被毛，稍粗壮稍扭曲；小叶片卵状披针形或披针形，叶基偏斜，先端渐尖或尖锐，边缘有细锯齿，侧脉7-10对，略与叶边平行，背面被柔毛，尤以叶脉上较密；聚伞花序有花5朵至10朵，男性花序常较短；花序轴和花被外面被微毛；花被片4片，卵形，顶端急尖或渐尖，外面被毛，内面基部有小平滑区；雄蕊4枚，药隔狭长三角形；子房卵圆形，略侧扁，密被微毛。