如果个体小商铺被发现被告商标侵权，首先应该立即停止使用侵权商标，并积极配合调查工作。随后可以寻求专业律师帮助，对侵权情况进行调查和分析。如果侵权成立，可以选择协商解决或者接受相应的惩罚。同时，也可以考虑重新设计商标或者申请授权许可，以避免侵权行为再次发生。最重要的是，要对侵权行为保持高度警惕，遵守相关的知识产权法律法规，以确保商铺经营的合法性和稳定性。