南海最深在西北部为5559米。

南海的深度比渤、黄、东海要大。除北、西、南三面靠大陆附近深度较浅外，中部和东部水深大都在2000米以上。南海平均水深1100米，最大深度5559米。

南海的海底地貌类型齐全，既有宽广的大陆架，又有较陡的大陆坡和辽阔的深海盆地。海底地势西北高，东部和中部低。海盆四周边缘分布着大陆架大陆架以外为阶梯状下降的大陆坡，中国东沙、西沙、中沙和南沙群岛等即为分布在大陆坡山脊上的礁岛在大陆坡的终止处进入南海深海盆地。在南海东部，从我国台湾岛至吕宋、巴拉皇岛等地，出现一系列岛弧和海槽(沟)相伴分布的格局。