根据目前的医保政策，医保卡余额一般不会在年底清零。医保卡余额是个人缴纳的医保费用累积而成，可以用于支付医疗费用。余额会一直保留在医保卡上，可以在需要时使用。但是，不同地区的医保政策可能会有所不同，建议您咨询当地医保部门或查阅相关政策了解具体情况。