填写京东变更主体确认函时，需要按照实际情况填写公司名称、营业执照注册号等信息，并在相应位置签字盖章。同时，需要注明相关变更事项，例如公司名称、法人代表、注册地址等，确保所填信息准确无误。在填写过程中要认真审查，避免错漏导致后续问题。